Viele Behördenschiffe haben Cuxhaven als Standorthafen. Die ANNELIESE KRAMER liegt on der Grimmershörner Bucht, der Zollkreuzer BORKUM oder das Schwesterschiff HELGOLAND im neuen Fischereihafen. Die Lotsenboote sind meist nördlich der Insel Scharhörn bei der Arbeit. Der Seenotkreuzer HERMANN MARWEDE liegt meistens im Hafen von Helgoland, kommt aber regelmäßig nach Cuxhaven zum Crew-Tausch. Ebenso verhält es sich mit dem Notfallschlepper NORDIC. Die NEUWERK bricht regelmäßig von Cuxhaven aus zu ihren Patrouillenfahrt auf. Die POTSDAM oder auch die Schwesterschiffe laufen ebenfalls den Hafen von Cuxhaven regelmäßig an.

Die großen Fischtrawler sind die meiste Zeit auf See und laufen Cuxhaven in recht großen aber regelmäßigen Abständen an.

Die Schlepper der Reederei Wulf sind regelmäßig im Hafen von Cuxhaven anzutreffen und liegen meist gegenüber der Alten Liebe im Vorhafen. Von dort aus werden die als Hafenschlepper oder auch für andere Schleppdienste eingesetzt.

Von Cuxhaven aus fahren einige Passagierschiffe. Die FUNNY GIRL wird zu verschiedenen Fahrten eingesetzt – mal als Ersatz für die HELGOLAND nach Helgoland oder auch von Büsum aus zur Hochseeinsel. Der HALUNDER JET kommt von Hamburg und fährt nach Helgoland. Die HELGOLAND fährt von Cuxhaven nach Helgoland. Die WAPPEN VON CUXHAVEN macht Hafenrundfahrten und Fahrten über die Elbe.

Das alte Feuerschiff ELBE 1 liegt im Sommer an der Alten Liebe, und im Winter im neuen Fischereihafen, macht aber auch pro Jahr einige Fahrten.

Die COASTAL LEGEND sowie das Schwesterschiff COASTAL LIBERTY fahren als Versorgungsschiff zur Bohrinsel Mittelplate, die man von Cuxhaven aus bei gutem Wetter gut erkennen kann..

Die Reederei vom Tanker CAPELLA hat ihren Sitz in Cuxhaven und ist daher dort auch öfters anzutreffen.